"ฝ่ายคลัง" ที่อยู่ภายใต้การกีฬาแห่งประเทศไทย คือ "ผู้จ่าย" เงินหลังจากที่มีการอนุมัติผ่านในโครงการหรือกิจกรรมต่าง ๆ ของนักกีฬาที่มีสิทธิขอได้ร้องขอและได้รับการอนุมัติแล้วก่อนหน้านั้นจะมี "ฝ่ายคลังเดียว" ที่เป็นผู้รับผิดชอบ คือฝ่ายการคลังของการกีฬาแห่งประเทศไทย แต่ปัจจุบันจะมีเพิ่มอีก 1 คือ "ฝ่ายการคลังกองทุน" ขึ้นมาในการกีฬาแห่งประเทศไทย เพื่อมาช่วยทำงานด้านการเบิกจ่ายเงินให้กับวงการกีฬา